Nelle sue prime tratte è conosciuto con diversi nomi: Río Quisil, Río Naranjo, Río Cocola e Río Yula San Juan. Assume il nome di Río Ixcán nel tratto medio e inferiore.
Il fiume scorre in direzione nord, segnando per alcuni chilometri il confine naturale tra i dipartimenti guatemaltechi di Huehuetenango ed El Quiché. Proseguendo verso nord, attraversa aree abitate da comunità rurali che utilizzano le sue acque per irrigazione, pesca e uso domestico.
Dopo un percorso stimato in circa 200 chilometri, il Río Ixcán attraversa il confine con il Messico nello stato del Chiapas, in corrispondenza delle coordinate 16.074929°N, 91.107817°W. Qui confluisce nel Río Lacantún, affluente del sistema del grande Río Usumacinta, che costituisce uno dei più importanti bacini idrografici della regione mesoamericana.
Il bacino idrografico del Río Ixcán copre un’area di circa 2.085 km² in territorio guatemalteco. Il suo regime è tipico dei fiumi tropicali, con portate abbondanti e piene marcate durante la stagione delle piogge, da maggio a ottobre. Numerosi torrenti montani alimentano il suo corso superiore.
Dal punto di vista ambientale, il Río Ixcán scorre in una zona ricca di foreste tropicali e biodiversità, che fa parte della più ampia regione ecologica della Selva Lacandona. Inoltre, la sua area di confluenza con il Lacantún è vicina a siti di grande interesse storico e archeologico, tra cui i resti del Sak-Bahlán, antica roccaforte maya.